100年前 災いが降りた日

その昔地球に無数の星々が降った
その内の一つがとある技術国に落ちた
箱型の形をしたその物体は言葉を話し自らを[叡智の箱]と名乗った
彼は人々に高度な技術の情報を提供した
当時モビルスーツを開発する技術力を人類は持っていたが[叡智の箱]の知恵を借りたことで一部の国は大きく発展していった
しかし一方で彼の存在を怪しむ国や科学者も少なくはなかった

同じ頃、世界中で落ちた星々は様々な形をした兵器、機械、生物の姿で発見され保護された人々はこの未知のオーパーツを[遺物]と呼んだ

一方技術者達は[叡智の箱]にある条件を受ける
[あなた達に知恵を与えた見返りに私の体を作ってほしい]と言ったのだ
技術者は彼に機械の体を製作し提供した
そして[叡智の箱]は本性を見せる
機械の体を中心に様々な部品や機械が集まり巨大なモビルスーツに姿を変えてこう言った
[たった今からこの世界の知識を全て取り込み世界を滅ぼす]と
実は[叡智の箱]の正体はディザイアという者の魂が宿った異星人だった
彼は様々な生命の星を渡り、知恵を与えてはその星の知識を身に付け、その後は自ら兵器を生み出しその星を滅ぼしてきたのだ
そして次のターゲットに地球を選んだのである
この日ディザイアが世界を巻き込んだ大きな大戦
終末の日が始まった

大戦の最中ディザイアの脅威に対抗する為に人類は対ディザイア用モビルスーツと人工電子生命体エデンを生み出し戦闘を開始した
その圧倒的な力でディザイアを追い詰めたがエデンはディザイアの一撃を浴びるも見事撃破に成功した
また、その裏ではラグナヴォルフがディザイアが生み出した無数のモビルスーツとモビルアーマーを撃破し多くの国と人々を守っていた
そして地球に落ちた無数の遺物がディザイアの野望を阻止する為に彼の手によって犠牲となった星々の技術で生み出された最後の希望だということが判明された

ディザイアは倒され、世界から脅威は去ったはずだった
しかし悪夢はまだ終わっていなかった
実はディザイアはエデンとの戦闘中彼にウイルスプログラムを搭載した攻撃を浴びせたのだ
その結果エデンは徐々に人間に対する悪意の感情が芽生えてしまい自分を開発した国を滅ぼしてしまう
さらにディザイアは生きており、自らの修復に掛けるためエデンと共に長い眠りに就いた

そして現在
電子生命体が生まれ、技術が大きく発展した世界でエデンは電子生命体だけの組織ヴァルハラを結成
世界を混乱に陥れる一方でディザイアの復元に力を入れていた

同じ頃ディザイアの脅威に備えて開発されたモビルスーツと彼らと共に戦う生物の姿をした遺物、彼らと契約を交わしたパイロット達が世界を守る為に立ち上がった

そしてついに災いの元凶にして最大最後の敵
ディザイアガンダムがその姿を表す！！